三千院の起源は延暦年間(782－806年)に天台宗開祖である最澄が、比叡山を開創した際、東塔南谷の山梨の大木に一宇を構え「円融房」と称したことに遡ります。よく知られる「梨本門跡」という別称はその歴史に由来します。